Храм знаходиться на центральному кладовищі Ніжина, зведений греками, які за універсалами гетьмана Богдана Хмельницького мали тут пільги для життя і розвитку своєї колонії. Храм належить до юрисдикції Української православної Церкви Київського патріархату.
Хрести встановлені працівниками ніжинських реставраційних майстерень.
Під час робочого візиту до Ніжина владика Іларіон відвідав також Покровську церкву, ознайомився з ходом реставраційних робіт у Миколаївському храмі.

Напередодні у чернігівському храмі святих князя Михайла і боярина його Федора єпископ Іларіон провів перші в своєму статусі єпархійні священицькі збори.